Το παιχνίδι ξεκινά με έναν μυστηριώδη δύτη έξω στη μέση του ωκεανού. Μετά από να ψάξει και να κολυμπήσει για λίγο, ο Diver καταφέρνει να ανακτήσει και να αποκαταστήσει δύο drones που βοηθούν να πλοηγηθείτε μέσα από τον ωκεανό.
Παντού ABZU ένας μεγάλος λευκός καρχαρίας κολυμπά γύρω από την τρομοκρατία των σκαφών του δύτη και την αναστάτωση των περιπέτειων του δύτη. Κατά μήκος του τρόπου που ο Diver ενεργοποιεί τις πύλες που ελευθερώνουν τα ψάρια, τους στέλνει πίσω στον τεράστιο ωκεανό, ενώ ταυτόχρονα αποκαλύπτει μια μυστική coven που αποκαθιστά περαιτέρω τη θαλάσσια ζωή κάθε φορά που ενεργοποιείται.
Κάθε αλληλεπίδραση με το coven οδηγεί επίσης το Diver πιο κοντά και πιο κοντά σε ένα σκοτεινό μυστικό που θάβεται στον πυθμένα της θάλασσας.
Αφού ο μεγάλος λευκός καρχαρίας καταστρέψει τους οδηγούς του δρομέα του Diver, ο Diver αφήνεται να χρησιμοποιήσει τις επικοινωνίες ακατέργαστου σήματος με τα ψάρια για να κολυμπήσουν μαζί τους ή να ταξιδέψουν στα πακέτα τους.
Καθώς ταξιδεύει μέσα από μερικές από τις πιο σκούρες περιοχές του ωκεανού, ο Diver συναντά μια περιοχή γεμάτη με τριγωνικά, ηλεκτρικά ορυχεία. Η υπερβολική συσχέτιση στέλνει σοκ σε όποιον τις αγγίζει. Περαιτέρω στο παιχνίδι ο Diver συναντά τον μεγάλο λευκό καρχαρία, που θάβεται κάτω από ένα από τα μηχανήματα που έχει παρόμοιο σχέδιο με τα ηλεκτρικά νάρκες τριγώνου.
Μετά την απελευθέρωση του καρχαρία από τα συντρίμμια, τόσο η ομάδα του Diver όσο και η ομάδα καρχαρία για να διερευνήσουν περαιτέρω από πού προέρχονται τα ηλεκτρικά ορυχεία. Καταλήγουν να κολυμπούν μέσω σηράγγων συντήρησης και διαδρόμων υψηλής τεχνολογίας που τελικά οδηγούν σε ένα τεράστιο δωμάτιο γεμάτο με ηλεκτρικά ορυχεία και στο κέντρο είναι ένας τρίγωνος μητρικός εγκέφαλος. Ο μεγάλος λευκός καρχαρίας επιχειρεί να επιτεθεί στον εγκέφαλο, αλλά ο μητρικός εγκέφαλος χτυπά πίσω, ηλεκτρομαγώνοντας τόσο τον δύτη όσο και τον καρχαρία.
Η ηλεκτροπληξία είναι τόσο σοβαρή που καταστρέφει το εξωτερικό κέλυφος του Diver και αποκαλύπτει ότι ο Diver είναι στην πραγματικότητα ένας ανδροειδής. Ο Diver επίσης ανακαλύπτει ότι ο μεγάλος λευκός καρχαρίας πέθανε από τον ηλεκτροπληξία.
Η διασπορά περαιτέρω μέσω του ωκεανού αποκαλύπτει επιπλέον πύλες που ελευθερώνουν περισσότερα ψάρια και τελικά το Diver έρχεται σε μια τεράστια, μυστική μαρίνα που οδηγεί προς μια πύλη αποκατάστασης που όχι μόνο τροφοδοτεί περισσότερη ζωή πίσω στον ωκεανό μετά την ενεργοποίησή της, αλλά και αποκαθιστά το σώμα του Diver και φέρνει πίσω μια πνευματική εκδοχή του μεγάλου λευκού καρχαρία.
Ταξιδεύοντας στον μεγάλο λευκό καρχαρία, ο δύτης και ο καρχαρίας συνεχίζουν να αποκαθιστούν τον ωκεανό, καταστρέφοντας τους αγκυροβολημένους μηχανικούς σταθμούς που χτίστηκαν από τον τρίγωνο του μητρικού εγκεφάλου. Τελικά ο καρχαρίας και ο δύτης βρίσκουν το τεράστιο, βυθισμένο διαστημικό σκάφος που στεγάζει το τρίγωνο της μητέρας του εγκεφάλου και μπαίνουν σε αυτό, ανατίναξη όλων των ορυχείων ασφαλείας και εκτόξευση μέσω του μητρικού εγκεφάλου, καταστρέφοντάς το.
Η ζωή των φυτών αρχίζει να αναπτύσσεται γύρω από το κατεστραμμένο πλοίο, υποδεικνύοντας ότι η ζωή θα συνεχίσει να ανθίζει ενώ ο Diver βρίσκει ένα νέο σπίτι στον ωκεανό.
Ο Diver ήταν αρχικά ένας από τους υποβρύχιους προσκόπους από το τριγωνικό διαστημόπλοιο, αλλά κατά τη διάρκεια της σύγκρουσης ο Diver φάνηκε να διαχωρίζεται από το υπόλοιπο πλοίο. Οι ανιχνευτές του τροχού προσπαθούσαν να βοηθήσουν τον πλοίαρχο να επιστρέψει στο πλοίο της μητέρας, αλλά ο μεγάλος λευκός καρχαρίας τους κατέστρεψε, καθώς το μητρικό πλοίο αποστραγγίζει τη θάλασσα και προσπαθεί να συλλάβει ορισμένα ψάρια με τις πύλες.
Δεδομένου ότι ο Diver έχασε τη μνήμη του και έπρεπε να ξεκινήσει ένα ταξίδι για να ξαναβρεί την προέλευσή του, οι προτεραιότητές του αλλάζουν αφού ανακαλύψουμε την ομορφιά του ωκεανού και αντί να συνεργαστούμε με τους διαστημικούς δρομείς Illuminati, ο Diver αρχίζει να βοηθάει στην απελευθέρωση των ψαριών, θαλάσσια ζωή και τελικά να συνεργαστεί με τον καρχαρία για να καταστρέψει τον εγκέφαλο της μητέρας.
