Η Microsoft, η Creative Assembly και η 343 Industries παρέδωσαν επιτέλους τη συνέχεια του Halo Wars. Με Halo Wars 2 για το Xbox One και το PC, το παιχνίδι προσφέρει στους παίκτες πολλές απαντήσεις σχετικά με το τι συνέβη στο πλήρωμα στο τέλος του πρώτου παιχνιδιού όταν έβγαιναν από το Shield World, αλλά αφήνει επίσης πολλές ερωτήσεις σχετικά με το πού βρίσκονται θα ακολουθήσει και ρυθμίζεται φωτοστέφανο θαυμαστές για το τι να περιμένουν Halo 6.
Halo Wars 2 ξεκινά με το πλήρωμα του Spirit of Fire να βγαίνει από τον κρυούπνο μετά από 28 χρόνια. Τραβήχτηκαν μέσω μιας πύλης ολίσθησης προς μια γιγάντια διαστημική δομή γνωστή ως Κιβωτός, η οποία ελέγχεται από έναν απόκληρο του Covenant που ονομάζεται Atriox. Το πλήρωμα του Spirit of Fire βρίσκει τους εαυτούς τους ξεπερασμένους και πυροβολισμένους από τους Brute Atriox, κάτι που γίνεται εύκολα εμφανές αφού στέλνουν μια μικρή ομάδα Σπαρτιατών να ερευνήσει την επιφάνεια της Κιβωτού όπου ο Atriox επιτίθεται προσωπικά στους Σπαρτιάτες, τραυματίζοντάς τους στη διαδικασία .
Παρά το γεγονός ότι κατακλύζονται από τις δυνάμεις του Atriox, οι Σπαρτιάτες καταφέρνουν να ξεφύγουν από το καταφύγιο αφού ανασύρουν μια AI που ονομάζεται Isabel, η οποία τους εξηγεί ότι ο Atriox είναι ένας άγριος πολεμιστής που έχει περάσει από αμέτρητες μάχες. Αυτός και οι άντρες του αρχικά προορίζονταν να είναι αναλώσιμοι υπό τη διοίκηση του Covenant, αλλά αντ' αυτού ο Atriox επαναστάτησε και στρατολόγησε μισθοφόρους, εγκληματίες και άλλες απογοητευμένες δυνάμεις του Συμφώνου για να τον ενώσουν, και έγιναν γνωστοί ως Εξορισμένοι. Σχεδιάζει να χρησιμοποιήσει την Κιβωτό όχι μόνο για να βγάλει τους ανθρώπους, αλλά και να καταστρέψει τα λείψανα των δυνάμεων του Συμφώνου επίσης.
Ο Captain James Cutter από το Spirit of Fire προειδοποιείται από την Isabel ότι ο μεταφορέας και το πλήρωμά του δεν ταιριάζουν με τον Atriox και τον στρατό του, αλλά ο Cutter αποφασίζει να χρησιμοποιήσει τακτικές hit-and-run εναντίον του δεύτερου στην διοίκηση του Atriox, Decimus, αποδυναμώνοντάς τους τελικά. με μικρές αψιμαχίες. Τελικά καταφέρνουν να βγάλουν τα χειριστήρια για τους μηχανισμούς πύλης διασυστήματος της Κιβωτού ενώ νικούν επίσης τον Decimus και τα στρατεύματά του. Ο Atriox χρησιμοποιούσε τις πύλες για να στείλει γρήγορα τα στρατεύματά του γύρω από την Κιβωτό και χωρίς αυτήν οι δυνάμεις του δεν μπορούν πλέον να φτάσουν γρήγορα στις επίγειες δυνάμεις του Spirit of Fire.
Η Atriox αντεπιτίθεται στέλνοντας έναν αερομεταφορέα να επιτεθεί στο Spirit of Fire, καταστρέφοντας τα οπλικά τους συστήματα στη διαδικασία. Ενώ ο Cutter και το υπόλοιπο πλήρωμα δεν ξέρουν ακόμα τι ακριβώς κάνει, καταστρώνουν ένα σχέδιο για να διεισδύσουν στο μεταφορέα η Isabel και η ομάδα των Spartan. Αλλά πρώτα σχεδιάζουν να σκουπίσουν τη βάση λειτουργίας του Banished κάτω από τον αερομεταφορέα και στη συνέχεια να χρησιμοποιήσουν την Isabel για να αναλάβει τη διοίκηση του μεταφορέα αφού μεταφερθεί στο σκάφος από τον αρχηγό της Red Team, Spartan Jerome.
Το σχέδιο είναι επιτυχές, και οι δυνάμεις του Cutter καταφέρνουν να διασχίσουν το φυλάκιο του Banished, ασφαλίζοντας έναν τηλεμεταφορέα στο μεταφορέα όπου ο Jerome επιτρέπει στην Isabel να αναλάβει τη διοίκηση των οπλικών συστημάτων του μεταφορέα. Χρησιμοποιεί τον μεταφορέα του Banished για να επιτεθεί σε έναν παλιό σταθμό Forerunner στην Κιβωτό. Το σχέδιο λειτουργεί και οι Forerunner Sentinels αναδύονται μέσα από την Κιβωτό για να επιτεθούν στον μεταφορέα. Η Ιζαμπέλ προτρέπει τους Φρουρούς να κόψουν το πλοίο, χωρίζοντάς το στη μέση, ενώ ο Σπαρτιάτης Ιερώνυμος και η Ισαβέλ κάνουν μια απόδραση.
Αυτή η κίνηση εξοργίζει τον Atriox, ο οποίος στρέφει γρήγορα την προσοχή του σε ένα δαχτυλίδι Halo που η Isabel και ο καθηγητής Anders τράβηξαν από την Κιβωτό, με την ελπίδα να το χρησιμοποιήσουν για να τηλεμεταφερθούν πίσω στο διάστημα του UNSC.
Η Atriox, ωστόσο, σχεδιάζει να χρησιμοποιήσει το δαχτυλίδι Halo ως όπλο. Ο Cutter σχεδιάζει να χρησιμοποιήσει το Halo ως τρόπο να προειδοποιήσει το υπόλοιπο UNSC για το Atriox. Ακολουθεί μάχη για τον έλεγχο του Halo, με τους Σπαρτιάτες Άλις, Τζερόμ και Ντάγκλας να βοηθούν στην ηγεσία να πάρουν το δωμάτιο ελέγχου με κάθε κόστος.
Ενώ ακολουθεί ένας τεράστιος καυγάς, η καθηγήτρια Άντερς συνοδεύεται στο δωμάτιο ελέγχου του δακτυλίου Halo όπου καταφέρνει να ανοίξει μια τρύπα από σκουλήκια αλλά δεν προλαβαίνει να φύγει από το δαχτυλίδι και καταλήγει να τηλεμεταφέρει με το δαχτυλίδι εντός εμβέλειας του UNSC. δυνάμεις. Πριν τηλεμεταφερθεί το δαχτυλίδι Halo, ο Άντερς υπόσχεται να επιστρέψει για το Spirit of Fire και το υπόλοιπο πλήρωμα.
Ο Captain Cutter, η Red Team και το υπόλοιπο Spirit of Fire κάνουν σχέδια να αντέξουν για μερικές ακόμη εβδομάδες περιμένοντας τον Anders και πρόσθετη βοήθεια για να επιστρέψει. Εν τω μεταξύ, ο Atriox είναι θυμωμένος που η Isabel και ο Anders κατάφεραν να κλέψουν ένα δαχτυλίδι Halo από την Κιβωτό και συγκεντρώνει τον τεράστιο στρατό του για μια επίθεση. Το παιχνίδι σβήνει καθώς οι πιστώσεις κυλά.
Σε μια σκηνή post credits ο καθηγητής Anders φαίνεται να βγαίνει από το δωμάτιο ελέγχου του Halo και να περπατά μέσα στο δάσος στην επιφάνεια του Halo, μόνο για να δει έναν από τους τεράστιους Guardians στον ουρανό που εξαπέλυσε η Cortana στο τέλος του Halo 5: Φύλακες.
