Το τμήμα έχει μερικές διαφορετικές κύριες φατρίες στο παιχνίδι που έχουν συμβάλει στην αποσταθεροποίηση της Νέας Υόρκης. Οι τρεις κύριες φατρίες κακών είναι οι Rikers, οι οποίοι είναι αιχμάλωτοι απόδρασης από το Rikers Island, οι Cleaners, οι οποίοι είναι δολοφόνοι που τριγυρνούν προσπαθώντας να «καθαρίσουν» τη Νέα Υόρκη, και το LMB, μια ομάδα μισθοφόρων που έχει γίνει απατεώνας.
Οι Rikers είναι μια από τις κύριες φατρίες κακών που αντιμετωπίζετε κοντά στο τέλος του παιχνιδιού και GhostRobo κάνει την τελική αποστολή Rikers, δείχνοντας τι συμβαίνει με το κύριο αφεντικό του γκρουπ, Larae Barrett. Είναι ένα βίντεο διάρκειας 24 λεπτών που μπορείτε να δείτε παρακάτω.
Τα προφανή spoilers είναι προφανή.
Οι παίκτες πρέπει να αντιμετωπίσουν τους The Rikers, μια ομάδα εγκληματιών από τη φυλακή του νησιού Rikers.
Ο αρχηγός Μπενίτεθ θέλει οι παίκτες να σώσουν μερικούς από τους άνδρες του πριν ολοκληρώσουν την αποστολή. Υπάρχουν τρεις όμηροι που συνελήφθησαν από τους The Rikers διασκορπισμένοι σε όλο το Κέντρο Εκδηλώσεων του Λέξινγκτον.
Οι παίκτες θα μετακινηθούν στο Κέντρο Εκδηλώσεων του Λέξινγκτον για να βγάλουν τους Rikers και να σώσουν τυχόν επιζώντες ομήρους. Οι παίκτες θα βρουν μερικές ηχογραφήσεις στην πορεία για να δουν τι συνέβη στο κτήριο και πώς οι Rikers βασάνισαν και σκότωσαν πολλούς αστυνομικούς και άλλους ανθρώπους ενώ βρίσκονταν στο κτίριο, με επικεφαλής όλους τους The Rikers, Larae Barrett.
Αφού περάσουν από το Lexinton Event Center για να φτάσουμε στην κύρια αίθουσα, η ομάδα παικτών τελικά βγάζει τους Rikers και τον αρχηγό τους, Laerae Barrett, αφού ελευθερώσει τους ομήρους. Μόλις τελειώσει η αποστολή, οι παίκτες μπορούν να φύγουν από το Lexington Event Center γνωρίζοντας ότι οι Rikers έχουν ηττηθεί.
Το άλλο βασικό τέλος περιλαμβάνει τη γιατρό Jessica Kandel που εξηγεί στον παίκτη-χαρακτήρα ότι υπάρχει ένα εμβόλιο στα σκαριά για τον ιό που έσπασε τη Νέα Υόρκη και ότι δεν μπορούν να επιβιώσουν ξανά από άλλη μια ιογενή επίθεση όπως αυτή. Περιμένει από τον παίκτη να αντιμετωπίσει τις δυνάμεις που θα μπορούσαν να διακινδυνεύσουν τη διάδοση του ιού… ξανά. Μπορείτε να δείτε το βίντεο διάρκειας μιας ώρας από MKIceAndFire, το οποίο καλύπτει τις κύριες τελικές αποστολές και τις τελικές κινηματογραφικές.
Οι παίκτες θα πρέπει να μιλήσουν με τον Διοικητή του JTF και να πάρουν πίσω τον ΟΗΕ, το κέντρο από τους μισθοφόρους του LMB, αυτό απαιτεί να κατευθυνθούν μέσα από μια υπόγεια περιοχή τούνελ και να ανατινάξουν το γκαράζ του κέντρου συγκέντρωσης του ΟΗΕ.
Ο κύριος στόχος είναι η επίθεση στα Ηνωμένα Έθνη και η εξουδετέρωση του LMB, γνωστό και ως The Last Manhattan Battalion, που είναι μια ιδιωτική στρατιωτική ομάδα με επικεφαλής τον Charles Bliss.
Ωστόσο, το LMB καταλήγει να προδοθεί από τον Aaron Keener, έναν πράκτορα του τμήματος AWOL, ο οποίος πιστεύει ότι το LMB "τελείωσε" και αποφασίζει να πάρει τον Ρώσο ανοσολόγο και να τραπεί σε φυγή. Ο Μπλις διατάζει τους άντρες του να βγάλουν τον Κίνερ και βγαίνει από την κρυψώνα για να συναντήσει τους άντρες του στην αίθουσα της γενικής συνέλευσης του ΟΗΕ, στο κτίριο.
Οι παίκτες ανακαλύπτουν ότι ο Bliss δεν κρύβεται και αποφασίζουν να τον κατεβάσουν ενώ ξεπλένουν τις δυνάμεις του LMB. Δυστυχώς, ο Bliss καταφέρνει να δραπετεύσει με ένα ελικόπτερο και να ξεφύγει από την ταράτσα του κτιρίου.
Οι παίκτες-χαρακτήρες τελικά φτάνουν στη γενική συνέλευση και αποκτούν πρόσβαση σε έναν φορητό υπολογιστή όπου αποδεικνύεται ότι το LMB κρατάει καρτέλες σε «όλους». Αφού αποκτήσει πρόσβαση στα δεδομένα, ο Μπλις επιστρέφει στο κτίριο των Ηνωμένων Εθνών με το ελικόπτερο του και κάνει κύκλους στην αυλή για να εξαφανίσει τις δυνάμεις του JTF.
Οι παίκτες συμμετέχουν σε μάχη με τον Bliss για τελευταία φορά σε έναν επικό αγώνα λίγο έξω από τον ΟΗΕ, χτίζοντας ενώ αυτός είναι ένα ελικόπτερο Blackhawk που εκτοξεύει πυραύλους και πυροβολεί παίκτες στην αυλή. Οι παίκτες μπορούν να χρησιμοποιήσουν τους πυργίσκους γύρω από την αυλή μαζί με τα τυπικά όπλα τους για να καταρρίψουν το ελικόπτερο του Bliss.
Αφού έβγαλε το ελικόπτερο, συντρίβεται σε ένα κοντινό κτίριο, ανατινάζεται σε κομμάτια και σκοτώνει τον διοικητή Τσαρλς Μπλις στη διαδικασία.
Ο Captain Benitez συγχαίρει την ομάδα παικτών για την νίκη του αρχηγού του LMB και σημειώνει ότι οι κύριες απειλές για τη Νέα Υόρκη έχουν νικηθεί. Αυτό οδηγεί στη συνέχεια στους παίκτες να έχουν την επιλογή να συμμετέχουν σε περιεχόμενο τέλους παιχνιδιού, όπως η Dark Zone.
Ο Άαρον Κένερ, όμως, καταφέρνει να δραπετεύσει με τον Ρώσο γιατρό και οι JTF εξακολουθούν να τον αναζητούν μαζί με τον βιοτρομοκράτη Γκόρντον Άμχερστ, ο οποίος κατάφερε επίσης να δραπετεύσει.
Παρόλο που φαίνεται ότι είναι το τέλος, αποδεικνύεται ότι υπάρχει ένα άγνωστο σήμα που εκπέμπεται κοντά στη Σκοτεινή Ζώνη. Όταν οι παίκτες πηγαίνουν να ερευνήσουν το άγνωστο σήμα, αποκαλύπτεται ότι το άτομο που δίνει το σήμα δεν είναι άλλο από τον Aaron Kenner, Το τμήμα Πράκτορας λιποτάκτης. Ο Keener στην πραγματικότητα δεν είναι εκεί αυτοπροσώπως, ωστόσο, άφησε μια συσκευή ηχούς που εξηγεί τις προθέσεις του. Εξηγεί ότι το να είσαι στη Μεραρχία ήταν σαν να μένεις με λουρί και ότι όταν ο ιός της Black Friday σάρωσε την περιοχή, μόνο οι κατάδικοι, οι δολοφόνοι και οι PMC θα μπορούσαν να επιβιώσουν και ότι ήταν ένας από τους επιζώντες.
Ο Κίνερ έχει τον ανοσολόγο μαζί με ένα δείγμα DNA και ένα «βιβλίο συνταγών» που βασίζεται στη βιοχημική έρευνα του Άμχερτ και σχεδιάζει να γράψει τους δικούς του κανόνες. Η ηχώ τελειώνει με τον Keener να λέει ότι ο χαρακτήρας του παίκτη θα πρέπει να «μπει σε αυτό το πράγμα» πριν φύγει από το διαμέρισμα εκπέμποντας το σήμα.
Μετά την έξοδο από το διαμέρισμα υπάρχει ένα άλλο σύντομο σημείωμα βίντεο που περιέχει τις προσωπικές σημειώσεις του Amherst σχετικά με τον ιό που παραλήφθηκε από το φορητό υπολογιστή του διαμερίσματος. Εξηγεί στο βίντεο πώς λειτουργούν οι ιοί και πώς μπορούν να χρησιμοποιηθούν οι ιοί για τον έλεγχο του πληθυσμού. Ο Amherst πιστεύει ότι ο ιός θα αποφασίσει ποιος θα ζήσει και ποιος θα πεθάνει και ποιος αξίζει να επιβιώσει. Τελειώνει το βίντεο λέγοντας ότι θα δει τους παίκτες στην κόλαση.
